与其它油脂相比，米糠油毛油酸值比较偏高，所以米糠油精炼设备在对其毛油进行碱炼脱酸的时候相对来说比较困难，尤其是在碱液浓度的配比上的要求要比常规情况下要高。
传统的油脂精炼通常采用碱炼的方法来进行对米糠油脱酸，低酸值的米糠油使用碱炼脱酸比较容易，但是如果遇到高酸值的米糠毛油，可能需要采用二次碱炼脱酸工艺了，而至于更高酸值的米糠油通常采用物理脱酸的工艺。

米糠油的酸值相比其他油脂较高，碱炼后的米糠油颜色会加深，为脱色工序增加了难度，所以如果在精炼的过程中，按照常规的碱液配比可能会影响脱酸的效果，同时还会降低该油脂中植物甾醇和谷维素的含量。碱液配比对于米糠油的脱酸是很重要的，实际操作中，一般将碱液的质量分数配置在8.07%，此时的脱酸效果比较好，且可以降低植物甾醇和谷维素的损失。